Im Jahr 1981 wurde er zum Oberarzt ernannt, 1982 habilitierte er mit dem Thema „M-mode-echokardiographische Untersuchungen bei Patienten mit infektiöser Endocarditis". Zum 01.12.1993 folgte Werner Daniel dem Ruf als C4-Professor für Innere Medizin an das Universitätsklinikum Carl-Gustav-Carus der Technischen Universität Dresden und wurde zum Direktor der Medizinischen Klinik und Poliklinik II mit den Schwerpunkten Kardiologie, Pneumologie, Angiologie und internistische Intensivmedizin ernannt, ab 1995 mit der zusätzlichen Leitung der Kardiologie im Herz- und Kreislaufzentrum Dresden betraut. Im Jahr 1997 verließ Werner Daniel Dresden und folgte dem Ruf als C4-Professor und Direktor der Medizinischen Klinik II (Kardiologie, Angiologie) an die Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg. Am 31. September 2012 emeritierte er. Zu den wichtigen beruflichen Aktivitäten neben seiner akademischen Laufbahn zählte 1994-1999 die Organisation und das Präsidentenamt der jährlich stattfindenden Dresdner Herz-Kreislauftage. Für 19 Jahre (1998 bis 2017) leitete er als Vorsitzender den Wissenschaftlichen Beirat der Deutschen Herzstiftung e.V.
Zwischen 1997 bis 2001 und 2006 bis 2007 war er Mitglied im Vorstand der Deutschen Gesellschaft für Kardiologie, Herz- und Kreislaufforschung e.V. und leitete als Tagungspräsident die Frühjahrstagung in Mannheim im Jahr 2007. Von 2002 bis 2012 diente er als Mitglied im Aufsichtsrat des Universitätsklinikums Erlangen. Im Jahr 2007 initiierte er, zusammen mit weiteren Professoreninnen und Professoren der Medizinischen Fakultät, die „Forschungsstiftung Medizin am Universitätsklinikum Erlangen“, die er von 2008 bis 2023 als Vorstandsvorsitzender leitete. Die Stiftung war für Werner Daniel eine „Herzensangelegenheit“, mit den Zielen Wissenschaft und Forschung in allen Bereichen der grundlagenorientierten und klinischen Medizin zu fördern, ferner die Förderung von Ausbildung und Weiterbildung sowohl von Studierenden als auch von Ärztinnen und Ärzten und Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, die Förderung von Belangen des öffentlichen Gesundheitswesens, insbesondere auf dem Gebiet der Prävention und Früherkennung von Erkrankungen, und die Förderung von Projekten der Mildtätigkeit im Rahmen der medizinischen Versorgung bedürftiger Patientinnen und Patienten. Für seinen selbstlosen und nachhaltigen Einsatz für die medizinische Forschung und Gesundheitsfürsorge der Bevölkerung wurde Werner Daniel im Jahr 2020 das Bundesverdienstkreuz am Bande verliehen.
Der wissenschaftliche Schwerpunkt von Werner Daniel lag in der kardialen Bildgebung. Er gehört zu der Generation von Kardiologen, die die Entwicklung der Echokardiografie und deren klinischen Einsatz von den Anfängen an begleitete und mitgestaltete, und ist einer der Pioniere der transösophagealen Echokardiografie. Er initiierte und begleitete eine Vielzahl an Projekten, und war Ausbilder und Mentor von zahlreichen, auch internationalen Gastärztinnen und -ärzten. Ein Höhepunkt seines Engagements und internationaler Reputation war die Aufforderung der Zeitschrift New England Journal of Medicine im Jahr 1995 einen Review über die transösophageale Echokardiografie zu verfassen. Im weiteren Verlauf erweiterte Werner Daniel sein wissenschaftliches Engagement in der kardialen Bildgebung auf die kardiale CT- und MRT-Diagnostik.
Werner Daniel war für die Studierenden und seine ärztlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter ein großartiger Lehrer und Ausbilder. Dies belegt u.a. der 1.Preis für gute medizinische Lehre der medizinischen Fakultät der Universität Erlangen-Nürnberg, den Werner Daniel sechs Mal hintereinander erhielt. Seine empathische Persönlichkeit, sein breites medizinisches Wissen, sein stets respektvoller Umgang mit Patienten „auf Augenhöhe“, verbunden mit einem tiefen, ärztlichen Verantwortungsbewusstsein waren beispielhaft. Er war klinisch scharfsinnig, von der Wissenschaft begeistert, und im Umgang grundanständig. Seine Begeisterung und Leidenschaft für die Herz-Kreislauf-Forschung waren ansteckend und stimulierend für eine Vielzahl von Doktoranden und Kollegeninnen und Kollegen, die er klinisch und akademisch anleitete und begleitete. Die zahlreichen Mitarbeiter, Kolleginnen und Kollegen und wissenschaftlichen Partner aus dem In- und Ausland, mit denen Werner Daniel im Laufe seines Berufslebens in Hannover, Dresden und Erlangen zusammenarbeitete, können hier bedauerlicherweise nicht namentlich aufgeführt werden.
Werner Daniel war ein Philanthrop; er starb im Alter von 77 Jahren; mit ihm verliert die Deutsche Kardiologie eine herausragende Persönlichkeit.
