Seit ihrer Gründung im Jahr 1927 war die Geschäftsführung der Gesellschaft am William G. Kerckhoff-Institut in Bad Nauheim angesiedelt. W. Schaper übernahm die Geschäftsführung der DGK als Ehrenamt für die Jahre 1976–1989. Diese Position führte zu weiteren Funktionen in der DGK, als Präsident 1994–1996, sowie Aufgaben im Rahmen der ESC (Europäischen Gesellschaft für Kardiologie) und/oder anderen Fachgesellschaften.
1975 wurde W. Schaper nach Emeritierung seines Vorgängers Prof. Dr. Rudolf Thauer zum Geschäftsführer der DGK gewählt und hielt diese Stellung im Ehrenamt bis 1989. Die DGK hatte Anfang der Siebziger Jahre noch das Format einer klassischen, kleinen, elitären wissenschaftlichen Gesellschaft, deren Protagonisten ihre Rollen in der Grundlagenforschung und der Pathophysiologie spielten. Die deutsche kardiovaskuläre Medizin litt an den Spätfolgen der Personalverluste im Wissenschaftsbereich vor und während des 2. Weltkrieges (1939–1945), bedingt durch Vertreibung, rassistische Verfolgung und direkte Kriegseinwirkung auf Menschen und Institutionen. Die vor dem Krieg weltweit sichtbaren Leuchttürme der Wissenschaft, wie das Carl-Ludwig-Institut in Leipzig, waren erloschen. Die alte Garde der Wissenschaftler und Institutsvorstände, welchen eine persönliche Beteiligung an Verbrechen nicht nachgewiesen worden war, genoss weiter die Privilegien in ihren Positionen als deutsche Beamte und verabschiedete sich zusehends in den „wohlverdienten Ruhestand“. Was blieb, war eine wenig enthusiastische, unkoordinierte Wissenschaftsadministration auf Landesebene, in welcher jede Universität sich um das eigene Überleben sorgen musste.
Die Avantgarde war in Deutschland ausgelöscht und in Europa schwer beschädigt worden. Die wissenschaftliche Elite versammelte sich in den USA, welche sich nicht zuletzt als Folge dieses „Brain Drain unter Zwang“ in der 2. Hälfte des 20. Jahrhunderts zum neuen Mekka der Medizinischen Wissenschaften entwickelten. Junge, aktive Wissenschaftler aus aller Welt zog es dorthin, um zu lernen. Bald wurde „IAG“ (in Amerika gewesen) zu einem erkennbaren Beschleuniger einer medizinisch-wissenschaftlichen Karriere auch in Deutschland. Die kompetenten jungen Deutschen genossen in den USA das einladende, demokratische, liberale, anspruchsvolle und vor allem unvoreingenommene Entgegenkommen ihrer neuen Lehrherren, verbunden mit deren Verständnis von qualitativ hochwertiger, ehrlicher wissenschaftlicher Arbeit, welches an vielen amerikanischen Institutionen damals vorherrschte.
Die Befreiung aus den Zwängen des überregulierten und überkontrollierten Lebens an der deutschen Universität führte bei vielen jungen Wissenschaftlern dort zum Aufblühen ihrer Fähigkeiten und verschaffte den deutschen „Post-Docs“ (promovierte wissenschaftliche Mitarbeiter mit Stipendium oder Zeitvertrag) als Gruppe einen guten Ruf. Wenn sie zurückkamen ins deutsche Wissenschaftssystem waren sie nicht mehr dieselben. Änderungen und Beschleunigung aller Entscheidungen und Verfahren im deutschen Wissenschaftsbetrieb wurden dringend notwendig. Transparenz und Sicherung der Qualität der wissenschaftlichen Arbeit, im internationalen Wettbewerb um die beste Antwort auf relevante wissenschaftliche Fragen, wurden unerlässlich als Grundlage einer Zukunftssicherung im modernen Europa.
Dies etwa beschreibt die Situation in welcher W. Schaper 1972 die Leitung des Kerckhoff-Instituts übernahm und 1976 zusätzlich die Geschäftsführung der DGK. Er selbst war unbelastet. Bis zu seinem 11. Jahr erlebte er den Spuk des Nationalsozialismus, welcher dann vorbei war, bzw. abgelöst wurde vom „Real Existierenden Sozialismus“ deutscher Prägung, in der damaligen SBZ (Sowjetische Besatzungszone). Letzterem konnte er sich entziehen durch Umsiedlung in den Westen, die spätere BRD (Bundesrepublik Deutschland).
Nach einer wohl missglückten sozialen Prägung in akademischen Institutionen, welche den vorherrschenden gesellschaftlichen Vorstellungen des von der Sowjetunion besetzten Teiles Deutschlands entsprachen, wollte er es offensichtlich wissen, indem er eine Stelle in der europäischen Pharmaindustrie in Belgien antrat, sozusagen mitten in einem Think-Tank, welcher nach allen Prinzipien des Kapitalismus ausgestattet war. Das bedeutete große Freiheit, im Vergleich zu staatlichen Einrichtungen, mit nahezu unbegrenzten Finanzierungsmöglichkeiten für wissenschaftliche Projekte, welche eine kommerzielle Nutzung in absehbarer Zeit versprachen. Der Preis dafür war eine gnadenlose Kosten-Nutzen-Rechnung, der im Zweifelsfall alles untergeordnet wurde, als erstes die „Reine Wissenschaft“.
Ganz anders waren damals die Abläufe an traditionellen deutschen universitären Institutionen, welche grundgesetzlich geschützt waren (GG Art. 5.3.1), in ihrer staatlich finanzierten, garantierten „Freiheit der Wissenschaft“. Diese im Prinzip wunderbare Einrichtung war gelegentlich förderlich für wissenschaftliche „Seefahrten ohne Kompass“, wobei die verantwortlichen Steuerleute dabei kaum aufzufallen schienen, außer wenn das an sich knappe Budget am Ende des Rechnungsjahres nicht aufgebraucht war. Die Unterweisung und Unterstützung junger Mitarbeiter in der Beschaffung von Drittmitteln z. B. durch die DFG (Deutsche Forschungsgemeinschaft), war damals an deutschen Universitäten, im Gegensatz zu den USA, nicht üblich. Die Industrieforschung wurde im akademischen Milieu häufig als nachrangig eingestuft und dabei wurde übersehen, dass über 80 % der zielführenden Forschungsleistungen (inklusive Nobelpreise in den Naturwissenschaften) genau dort erarbeitet wurden.
Nach 12 Jahren Industrieforschung hatte W. Schaper die „Facts of Life“, welche an dieser Stelle auch als Kosten-Nutzen-Rechnung bezeichnet werden können, gelernt und wohl verstaut in seinem Gepäck. Er wurde sich sicher bewusst im Verlauf der nächsten 33 Jahre, dass es Glück bedeutete, an ein MPI (Max-Planck-Institut) berufen worden zu sein und nicht an eine universitäre deutsche Fakultät.