Für die nachfolgenden Experimente wurden Mäuse mit Biotin- und GFP-markierten Zellkernen und Ribosomen von Adipozyten eingesetzt. Die Epigenom-Analysen umfassten neben ATAC-seq auch die Untersuchung der Histon-Modifikationen (hPTM): H3K27me3, H3K4me3, H3K4me1 und H3K27ac. hPTM-Signaturen bezeichnen charakteristische Muster posttranslationaler Modifikationen an Histonproteinen mit regulatorischen Funktionen. Während H3K4me3, H3K4me1 und/oder H3K27ac aktivierend auf Promotoren wirken, führt H3K27me3 zu deren Inaktivierung.
Zahlreiche Promotoren von übergewichtigen Mäusen hatten einen geänderten Aktivitätsstatus, der auch nach Gewichtsabnahme gegenüber den Kontrollen erhalten blieb. Inaktiviert wurden vor allem Gene der normalen Adipozyten-Funktion (H3K27me3↑ und H3K4me3↓) und aktiviert degegen Gene, die an Remodeling und Inflammation beteiligt waren (H3K4me3↑ und H3K27me3↓). Insgesamt waren diese Veränderungen charakteristisch für eine Adipozyten-Dysfunktion.
Epigenetische Modifikationen befinden sich sehr häufig an Enhancer-DNA-Sequenzen, die ein Schlüsselelement für die Regulation von zellulären Prozessen sind. Aktivierte Enhancer wurden vor allem für Gene gefunden, die mit Inflammation, Lysosom-Aktivität und Remodeling verbunden waren und den Übergang in einen inflammatorischen Status kennzeichnen.
Schließlich wurde untersucht, ob die epigenetischen Änderungen für die anhaltenden Translationsunterschiede nach Gewichtsabnahme verantwortlich sind. 57–62 % der herunter- und 68–75 % der heraufregulierten DEG waren durch die beschriebenen Epigenom-Änderungen erklärbar. Insgesamt ließen diese Ergebnisse auf ein stabiles epigenetisches Gedächtnis der Maus-Adipozyten schließen.